Η Κυψέλη (Χώσεψη) κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας διατήρησε, όπως και όλα τα χωριά των Τζουμέρκων, ένα ιδιόμορφο καθεστώς αυτοδιοίκησης. Υπαγόταν στο βιλαέτι της Άρτας, με διοικητή το βοεβόδα και ευρύτερα στο πασαλίκι των Ιωαννίνων. Την τοπική εξουσία αποτελούσαν οι κοτσαμπάσηδες ή οι δημογέροντες.
Κατά την επανάσταση του 1821 κυρίαρχες μορφές του αγώνα στην περιοχή των Τζουμέρκων ήταν οι Κουτελιδαίοι.
Το 1750 αρματολός των Τζουμέρκων ήταν ο Δημήτριος Κουτελίδας, που αργότερα εκδιώχθηκε από το ληστή Γιώργο Καλατζή με τη βοήθεια του αρματολού των Αγράφων Γιάννη Μπουκουβάλα. Το 1804 το αρματολίκι των Τζουμέρκων παραχωρείται από τους Τούρκους στο γιο του Νικόλαο, ο οποίος είχε 4 παιδιά: τον Μήτρο και τον Γιαννάκη και δύο κόρες. Μετά τον θάνατο του Νικόλαου Κουτελίδα το αρματολίκι ανέλαβε ο πρωτότοκος Μήτρος, που μαζί με τον αδελφό του Γιαννάκη μυήθηκαν στη Φιλική Εταιρεία και μαζί με άλλους οπλαρχηγούς συγκεντρώθηκαν την άνοιξη του 1821 στο μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου στο Βουργαρέλι και κήρυξαν την επανάσταση στην περιοχή των Τζουμέρκων.
Υπήρξαν γενναίοι και σκληροί πολεμιστές, προκαλώντας το δέος των Τούρκων. Πήραν μέρος σε όλες τις μάχες του πρώτου και του δεύτερου έτους της Επανάστασης του 1821, στην περιοχή της Άρτας και της Δυτικής Στερεάς, μαζί με τους Καραϊσκάκη, Μπακόλα, Μάρκο Μπότσαρη κ.ά. Το 1822 ή το 1824 πέθανε ο Μήτρο Κουτελίδας.
Μετά την καταστροφή των Ελλήνων, στη μάχη του Πέτα (1822), ο καπετάν Γιαννάκης εγκαταστάθηκε στη Χώσεψη, όπου οι Τούρκοι, επειδή τον φοβούνταν, τον διόρισαν καπετάνιο των Τζουμέρκων με πολλά προνόμια στη διοίκηση της περιοχής. Το 1838 ο καπετάν Γιαννάκης σκότωσε, στη θέση Τουρκόμνημα, τον Χαλήλ, που ήταν φοροεισπράκτορας της ευρύτερης περιοχής και με τη συμπεριφορά του είχε προκαλέσει την αγανάκτηση των κατοίκων. Ο θείος τού Χαλήλ, ο Τσέλιο Πίτσαρης, που ήταν Τουρκαλβανός αξιωματικός, γενικός στρατιωτικός διοικητής και γενικός επόπτης των Δερβεναγάδων, κάλεσε τον Γιαννάκη στα Θεοδώριανα για να συζητήσουν . Εκεί όμως τον σκότωσε για να εκδικηθεί τον θάνατο του ανεψιού του, του Χαλήλ. Τον άδικο χαμό του καπετάνιου, τραγούδησε ο λαός της περιοχής, με αρκετά δημοτικά τραγούδια.
Μετά το θάνατο του Γιαννάκη Κουτελίδα αρματολός των Τζουμέρκων διορίστηκε ο γιος του Νικολάκης, που κράτησε το αρματολίκι ως το 1881.
Με τη συνθήκη του Βερολίνου, το 1881, προσαρτήθηκαν στο τότε ελληνικό κράτος η Θεσσαλία και ένα μέρος της Ηπείρου, με σύνορα τον ποταμό Άραχθο. Έτσι τα Τζουμερκοχώρια λευτερώθηκαν από τους Τούρκους, αλλά περιήλθαν στα χέρια των τσιφλικάδων. Η Χώσεψη αποτέλεσε για αρκετά χρόνια ιδιοκτησία των αδελφών Καραπάνου, οι οποίοι την πούλησαν, το 1883, στις 156 οικογένειες του χωριού, έναντι 630 χρυσών λιρών. Την περίοδο αυτή εντάχθηκε, μαζί με άλλα χωριά της περιοχής, στο Δήμο Θεοδωρίας, ο οποίος είχε 5.167 κατοίκους. Αναγνωρίστηκε ως αυτόνομη κοινότητα το 1912.
Στον απελευθερωτικό αγώνα του 1912-13 και στη Μικρασιατική εκστρατεία πήραν μέρος αρκετοί Χωσεψίτες.
Ξεχωριστή μορφή ήταν ο στρατηγός Παναγιώτης Νάσης, που γεννήθηκε στη Φτέρη το 1889. Πολέμησε σε πολλές μάχες κατά των Τούρκων και Βουλγάρων το 1912-13 και αργότερα στη Μικρασιατική εκστρατεία, όπου και τραυματίστηκε σοβαρά στον Σαγγάριο ποταμό το 1921. Μετά την αποθεραπεία του επανήλθε στο μέτωπο της Θράκης. Αποστρατεύτηκε το 1938, με το βαθμό του υποστρατήγου. Αμέσως μετά την κήρυξη του πολέμου του 1940 παρουσιάστηκε στα Γιάννενα και έθεσε τον εαυτό του στην υπηρεσία της πατρίδας. Ο Μεταξάς όμως δεν τον δέχτηκε, επειδή ήταν αντιδικτατορικός. Επανήλθε στη Χώσεψη και αργότερα πήρε μέρος στην Εθνική Αντίσταση με τον ΕΛΑΣ. Εξορίστηκε στη Μακρόνησο για τις ιδέες του. Τα τελευταία χρόνια της ζωής του τα έζησε στη Χώσεψη, όπου και πέθανε το 1979.
Το 1941 μετά την κατάρευση του μετώπου, οι Χωσεψίτες πολεμιστές επανήλθαν στο χωριό, όπου και οργανώθηκαν στα αντάρτικα τμήματα του ΕΛΑΣ και του ΕΔΕΣ. Το 1943 Γερμανοί στρατιώτες, στα πλαίσια εκκαθαριστικών επιχειρήσεων εναντίον των ανταρτών, έφτασαν στη Χώσεψη, όπου έκαψαν λίγα σπίτια, σκότωσαν έναν Χωσεψίτη και αποχώρησαν.
Κατά τη διάρκεια της Κατοχής και του εμφυλίου πολέμου τα Τζουμέρκα ήταν το επίκεντρο ένοπλων συγκρούσεων, στις οποίες έχασαν τη ζωή τους αρκετοί Χωσεψίτες. Στα ταραγμένα χρόνια που ακολούθησαν αρκετοί κάτοικοι του χωριού αναγκάστηκαν να το εγκαταλείψουν, αναζητώντας καλύτερη τύχη στην πρωτεύουσα ή στο εξωτερικό, υποκύπτοντας στα κελεύσματα της αστυφιλίας, με αποτέλεσμα τη συρρίκνωση του πληθυσμού (απογραφή 1951: 1451 κάτοικοι, απογραφή 1971: 956 κάτοικοι).
Το 1962 η Χώσεψη μετονομάστηκε σε Κυψέλη.
Στη διάρκεια της δικτατορίας του 1967 αρκετοί αντιφρονούντες Xωσεψίτες βρέθηκαν στα ξερονήσια.
Με το σχέδιο «Καποδίστριας», το 1997, ιδρύθηκε ο Δήμος Αθαμανίας με έδρα το Βουργαρέλι, στον οποίο ανήκε και η Κυψέλη, ενώ με το σχέδιο «Καλλικράτης», το 2010 και τη συνένωση των Δήμων: Αθαμανίας και Αγνάντων και των Κοινοτήτων: Θεοδωριάνων και Μελισσουργών, δημιουργήθηκε ο Δήμος Κεντρικών Τζουμέρκων με έδρα το Βουργαρέλι, στον οποίο ανήκει σήμερα η Κυψέλη.